Релеф

Общината  се характеризира с много разнообразен релеф – няколко реки и водни  басейни, с умерено-континентален  климат. Екологичното равновесие в  района не е нарушено и въздухът е кристално чист. Територията  на общината е разположена в планинската и полупланинска част на Югозападна България и граничи на юг с Община Кюстендил, на запад – с Община Трекляно, на северозапад – с Община Трън, на север – с Община Ковачевци и на изток – с Община Радомир. Подчертаният полупланински релеф и средната надморска височина от 685 м благоприятстват за развитието на селското стопанство и дърводобива.

Земенският  прелом е едно уникално природно творение, изваяно в долината на р. Струма. На територията има 3 пещери и 2 водопада.

Климат

Климатът  в Общината е умерено-континентален, а някои райони на Краището попадат в планинската климатична област. Голяма част от климата в общината е повлиян от особеностите на температурните инверсии, характерни за високите западно-балкански котловинни полета. Тук главно главно югозападни и северни /Горняк/ ветрове.

Водни ресурси

Община  Земен е богата на водни ресурси. През територията й протичат р. Струма, р. Треклянска, р. Дивлянска и р. Блатешничка. В района има няколко микроязовира, две езера и много карстови извори. Общината е сравнително добре водоснабдена. Водите на р. Струма минават през няколко населени места на Общината, но са промишлено замърсени. Останалите водни басейни /реки и язовири/ са екологично чисти.

Почви

Условията за почвообразуването в общината се определят от климата, възрастта и особеностите на релефа, както и от почвообразуващите скали. Разпространени са следните почвени видове:
- чернозем-смолници – 28% от обработваемата земя;
- канелено-горски почви – 45 – 47% от цялата територия на общинските почви.
Подходящи за отглеждане върху тези почви са пшеница, ръж, овес, картофи.

Полезни изкопаеми

В Общината широко разпространени са нерудните  полезни изкопаеми – варовици, глина, хума, бигор и пр. По поречието  на р. Струма и р. Треклянска се намират големи количества глина, подходяща за изработване на тухли и други керамични изделия. В с. Елов дол освен глинена мина, която е затворена от 1978 г. има богато находище от барит, което почти не е разработвано.

Растителна покривка

Природният ландшафт в голяма степен е променен и се променя от андрогенната дейност.

Растителната  покривка е еднородна – предимно тревиста. В плодородните и ниски  части на земите в общината тя е  заменена от предимно едногодишни селскостопански  култури, а в по-високите земи са превърнати в естествени ливади и пасища.

Във високите части (горски фонд и пасища) най-разпространени са храстите глог, шипка, дрян, къпина, трънка и др. Основни  дървесни видове са дъб, бук, бял и  черен бор, габър, клен, акация, липа и пр. Преобладават горите с издънков произход, разстроена структура и нискокачествена продуктивност. Около 20 – 22% от горския фонд се залесява, но горите се използват основно за дърводобив за огрев и целулоза.